Zarówno Jasna Góra, ale i cała Częstochowa przyjęły wielu uchodźców z Warszawy po powstaniu. Profesorowie uniwersytetów i politechniki nawet mieszkali na Jasnej Górze, służąc swoją wiedzą i umiejętnościami np. pracowali w archiwum i w bibliotece. Wykładali również na tajnych kompletach.

Wśród ocalałych mieszkańców Warszawy nie wygasła wiara i pobożność maryjna. Jak opowiada o. Grzegorz Prus, historyk Zakonu, dyrektor Jasnogórskiego Instytutu Maryjnego, według zasłyszanych historii od najstarszych paulinów, już po wojnie w Warszawskiej Pielgrzymce Pieszej szła na Jasną Górę kobieta, która przez całą drogę sama niosła dywan. Nie pozwalała nikomu sobie pomóc. Potem wyjawiła, że to, co ocalało z jej mieszkania, wszystko, co miała, chciała ofiarować Matce Bożej.

Jak wykazały badania, które prowadził o. Melchior Królik, jasnogórski archiwista, przez cały okres okupacji, nawet w czasie powstania, kontynuowana była Warszawska Pielgrzymka Piesza.

W latach wojennych tworzyła ją każdorazowo niewielka grupa: od 60 do 80 osób. Wyruszali niezależnie od siebie i bez wzajemnego kontaktu. Wędrowano z trudnościami, z krzyżem ukrytym pod ubraniami, ale nigdy, przez cały okres okupacji, nikogo nie aresztowano. Nawet w 1944 r., kiedy w Warszawie wybuchło powstanie, małe grupy pątników przedzierały się – od Lasu Sękocińskiego czy Tarczyna, a inne przez Puszczę Mariańską i Smardzewice do Częstochowy.

O. Prus podkreślił, że także jasnogórscy paulini wpisali się w karty historii, niosąc na różne sposoby pomoc w czasie II wojny światowej i Powstania Warszawskiego. Np. o. Polikarp Sawicki współpracował w konspiracji z Armią Krajową, o. Klemens Izdebski wygłosił homilię w częstochowskiej katedrze, gdzie 31 sierpnia była sprawowana Msza św. w intencji powstańców, a o. Stanisław Nowak pełniący wówczas funkcję przeora, niósł ofiarną pomoc potrzebującym.

Na Jasną Górę w wojennym czasie przychodziło wiele osób, by się pomodlić, wyspowiadać. Konfesjonały oblegane były wiernymi, a o liczbie pielgrzymów świadczy duża ilość rozdawanej Komunii Świętej: w 1938 r. rozdano ich ponad 900 tys., w 1941r.- 406 tys., w 1942r. - 420 tys. , w 1944r – 490 tys. Jak przypomina paulin, klasztor musiał jednak być ostrożny, bo ciągle groziło niebezpieczeństwo ze strony okupanta. Pilnowano, by niepotrzebnie nie prowokować, ale pomagać po cichu. Chciano uniknąć sytuacji, która miała miejsce jeszcze w czasie wojny, gdy w kwietniu 1941 r. młody paulin o. Romuald Kłaczyński w czasie jednego z kazań porównał Polskę do odradzającej się na wiosnę przyrody. Po Mszy św. został aresztowany w zakrystii i wywieziony do obozu koncentracyjnego w Dachau, gdzie zginął.

Mieszkańcy Częstochowy od początku wybuchu Powstania Warszawskiego interesowali się jego losami. Za wsparcie dla walczącej Warszawy 6 sierpnia 1944 r. Niemcy wydali rozkaz na mocy którego miano aresztować i wymordować niemal 10 tys. mieszkańców Częstochowy.

13 września 1944 r. otwarto biuro dla ewakuowanych z Warszawy, pomocy udzielał także Polski Komitet Opiekuńczy.

7 października 1944 r. biskup częstochowski Teodor Kubina wydał Odezwę Arcypasterską w sprawie zbiórki dla wysiedlonych z Warszawy. 19 października Siostry Zmartwychwstanki uruchomiły kuchnię w barakach przy ul. Chłopickiego. Mieszkańcy stolicy znaleźli też schronienie i opiekę w domach zakonnych i przy parafiach.

Pamięć o sierpniu 1944 r. wpisana jest też w jasnogórskie wota.

Tu znajduje się m.in. złota róża - dar powstańca, wykonana wiele lat po wyzwoleńczym zrywie. Do muzeum trafiła jako wotum dziękczynne za ocalenie powstańca i jego kolegów.

Na wprost wejścia do skarbca można zobaczyć wiszące godło. To wotum mieszkańców Warszawy powstałe z ich osobistych ocalałych pamiątek. Umieszczone w koronie orła kamienie pochodzą ze zniszczonej monstrancji z bombardowanego kościoła sióstr sakramentek. Na rewersie napis: Starówka – serce Warszawy. Najświętszej Maryi Pannie Królowej Polski, Matce Narodu Polskiego 15.08.1946 r. Historię ryngrafu odkryto w 2020 r., kiedy pod kierownictwem konserwatora czyszczono dary wotywne.

Jak podkreśla s. Faustyna Masin, jasnogórski skarbiec to nie tylko pamiątki, wota i biżuteria, ale przede wszystkim dar i historia ludzkich serc. - Męstwo naszych przodków z XX w. daje nam nadzieję na lepszą przyszłość naszego narodu, że nie zabraknie w naszym narodzie ludzi tak oddanych Ojczyźnie, że swoje serca są w stanie złożyć w darze dla Polski, która jest silna dzięki wierze i dzięki wielkiej więzi z Jasną Górą – powiedziała przewodniczka.