Kiedy w Wielki Czwartek we wszystkich kościołach na świecie odbywa się w kościołach obrzęd mycia nóg i obchodzona jest pamiątka Ostatniej Wieczerzy, myśli zwracają się ku Wieczernikowi. Dziś sala Wieczernika w Jerozolimie jest pod administracją państwową. Nie wolno w niej odprawiać nabożeństw, a jeżeli – to tylko w wyjątkowych przypadkach. W 200 r. Mszę św. odprawił tam bł. Jan Paweł II. Można natomiast Wieczernik zwiedzać, wstęp jest wolny.

Ewangelie nie zawierają dokładnego opisu położenia pomieszczenia, w którym Jezus przed śmiercią chciał zjeść z uczniami baranka paschalnego. Czytamy jedynie, że położone ono było w ówczesnym mieście i że była to "duża sala usłana" kobiercami (Łk 22). Już we wczesnym chrześcijaństwie przyjmowano, że sala Wieczernika jest tą samą, w której uczniowie spotkali zmartwychwstałego Jezusa i oczekiwali przyjścia Ducha Świętego. Wczesnochrześcijański pisarz, św. Epifaniusz, informował, że cesarz Hadrian podczas wyprawy do Jerozolimy w 130 r. znalazł Jerozolimę tak bardzo zniszczoną, jaką pozostawił ją Tytus, "z wyjątkiem kilku domów i małego kościółka chrześcijańskiego wznoszącego się w miejscu, gdzie po Wniebowstąpieniu Zbawiciela uczniowie weszli do sali na górze". Kościółek mogło ocalić przed zniszczeniem jego położenie w południowo-zachodniej części miasta - w obrębie dzisiejszej Góry Syjon.

Nad tym kościółkiem w IV w. wzniesiono dużą bazylikę wczesnochrześcijańską, której dano nazwę Hagia Sion (Święty Syjon). Rycerze wypraw krzyżowych znaleźli ją zniszczoną i na starych fundamentach zbudowali nowy kościół pw. Matki Bożej z Góry Syjon. Kaplica w północnej nawie kościoła była poświęcona Wniebowzięciu Matki Bożej, natomiast w południowej nawie znajdowała się sala Wieczernika.

Sanktuarium, które po raz kolejny znalazło się w ruinie, zostało przejęte w 1333 r. przez króla Roberta z Neapolu i za zgodą Stolicy Apostolskiej opiekę nad nim powierzono franciszkanom. Nad salą Wieczernika niewielki klasztor wybudowała franciszkanom żona Roberta, Sancia. Kaplica Wieczernika została odnowiona w stylu gotyckim zachowanym do czasów współczesnych. Dwie kolumny dzielą salę na dwie nawy.

W 1551 r. franciszkanie zostali wypędzeni przez władze osmańskie, gdyż rozeszła się wieść, jakoby pod salą Wieczernika znajdował się grób króla Dawida. Świątynia została zamieniona na meczet, a odwiedzanie sanktuarium zostało w znacznym stopniu ograniczone. Później opuszczoną salę górną kupiła pewna rodzina muzułmańska, której następcy powołują się obecnie na prawo własności przez zasiedzenie.

Od 1948 r. w dolnej części znajduje się synagoga, w której czczony jest grób króla Dawida. 15-metrowej szerokości i trzymetrowej długości górna sala, do której wchodzi się po zewnętrznych schodach, stoi pusta.

Zbudowany obok w 1936 r. niewielki klasztor franciszkański, po powstaniu państwa Izrael przez 12 lat stał pusty, a franciszkanie mogli do niego powrócić w 1960 r. W kaplicy, odrestaurowanej w 1981 r., sprawowane są Msze św. niejako "w zastępstwie" Wieczernika. Ostatnio kustosz franciszkanów w Ziemi Świętej, o. Pierbattista Pizzaballa przewodniczył tutaj nieszporom "o dar Ducha Świętego" dla uczestników niedawnego konklawe.