Wśród dwunastu miejsc związanych z historią chrześcijaństwa w Japonii znalazła się również osada rybacka Sakitsu na wyspie Shimoshima w prefekturze Kumamoto oraz pozostałość po zamku Hara, w którym przez kilka miesięcy do 1638 roku broniło się ok. 30 tys. katolików z prowincji Nagasaki, którzy wywołali powstanie przeciwko polityce władz Japonii, zmuszającej ich do porzucenia wiary i skrajnego ubóstwa. Wszyscy powstańcy zostali zamordowani, zamek został zburzony, tak aby nie pozostało po nim śladu, a szczątki powstańców zostały zasypane wraz z ruinami zamku.

Na liście dziedzictwa kulturowego UNESCO znalazły się również kościoły wybudowane na wyspach archipelagu Goto, oddalonych od miasta Nagasaki ok. 80 km. Historia prześladowań zamieszkujących ich katolików była przedstawiona w filmie Martina Scorsesse „Milczenie” w 2017 roku.

Arcybiskup Nagasaki Józef Mitsuaki Takami, z diecezji Nagasaki, na której terenie leżą wpisane na listę UNESCO kościoły, powiedział w rozmowie z japońską gazetą "Asahi", że jest bardzo zadowolony, iż miejsca związane z 470 letnią historią katolicyzmu w Japonii zostały po raz pierwszy uznane i wpisane na listę światowego dziedzictwa kulturowego.

Zaznaczył, że stanowią one niespotykane nigdzie indziej na świecie świadectwo wiary katolickiej, które mówi o przyjęciu wiary, o prześladowaniach wyznawców i ukrywaniu przez nich wiary pod groźbą tortur i śmierci przez ponad dwa i pół wieku.

W czasie prześladowań japońscy katolicy mieli dwie możliwości do wyboru: porzucić wiarę lub stracić w torturach życie. Byli narażeni na dyskryminację otoczenia. Wyznawali wiarę narażając życie, bo trzymała ich nadzieja na życie wieczne oraz dążenie do odzyskania wolności wyznania, która jest podstawowym prawem każdego człowieka - podkreślił arcybiskup Takami, który sam pochodzi z japońskiej rodziny, która w ukryciu zachowała wiarę.

Historia wiary katolickiej w Japonii sięga 1549 roku, kiedy to współzałożyciel Towarzystwa Jezusowego św. Franciszek Ksawery rozpoczął ewangelizacje Japonii. W ciągu niecałych 50 lat wiara w Chrystusa znalazła setki tysięcy wyznawców. Ewangelizacja spotkała się z niechęcią ze strony dyktatorów przejmujących władze w Japonii w końcu XVI w. Z raportów jezuitów wynika, że podczas prześladowań, które rozpoczęły się na początku XVII w. w Japonii ochrzczonych było ponad 900 tysięcy mieszkańców Kraju Kwitnącej Wiśni. Kres ewangelizacji położyła polityka okrutnych prześladowań prowadzonych od 1597 do 1873 roku. W wyniku prześladowań śmierć w torturach poniosło w Japonii ok 40 tys. katolików, którzy nie chcieli porzucić wiary.