„Rodzice Dzieci Utraconych” to duszpasterska i modlitewna odpowiedź na potrzeby wszystkich tych, którzy przeżyli śmierć swojego dziecka. W sanktuarium Bożego Miłosierdzia w każdy drugi piątek miesiąca o godzinie 18:00 odprawiana jest Msza Święta w ich intencji. Do modlitwy zaproszeni są nie tylko rodzice, ale także najbliższa rodzina - dziadkowie, rodzeństwo, krewni i przyjaciele. Za pośrednictwem strony internetowej sanktuarium istnieje także możliwość pozostawienia wpisu-intencji w „Księdze Dzieci Utraconych”. To symboliczny gest pamięci o zmarłym dziecku.

Duszpasterzem odpowiedzialnym za Rodziców Dzieci Utraconych jest ks. dr Janusz Kościelniak, od wielu lat spowiadający w Sanktuarium. Szczegółowe informacje oraz kontakt do duszpasterza znajdują się na stronie internetowej Sanktuarium - www.milosierdzie.pl - w zakładce „Dzieci utracone”.

Wspólnota Trudnych Małżeństw „Sychar” ma na celu wsparcie małżonków, którzy przeżywają trudności w swoich związkach. Członkowie wspólnoty pragną pozostać wierni słowom przysięgi małżeńskiej oraz w zobowiązaniach z niej wynikających. Podczas spotkań, wspólnych modlitw oraz Mszy świętych polecają Bogu wszystkie problemy małżeńskie i proszą o uzdrowienie relacji. Spotkania WTM „Sychar" odbywają się w drugie soboty miesiąca w kaplicy św. Siostry Faustyny. Po Mszy Świętej o godzinie 17:00 członkowie wspólnoty spotykają się w sali „Faustinum”. Dla osób potrzebujących indywidualnej rozmowy istnieje taka możliwość przed Mszą Świętą.

Apostolat Ratunku Konającym składa się z pięciu dzieł, z których Msza Święta w intencji wszystkich konających jest - jak mawiał Założyciel, ks. Piotr Mikołaj Marks - „koroną wszystkich dzieł”. Odprawiana jest w każdy pierwszy wtorek miesiąca o 18:00 w bazylice Bożego Miłosierdzia w Krakowie. Inne inicjatywy podejmowane w intencji konających to „Dzieło Pokutne” polegające na ofiarowaniu postu i Komunii świętej, Straż Adoracji Najświętszego Sakramentu, Straż Wieczysta przy łóżkach umierających w hospicjum oraz SMS-owa Koronka za Konających. Więcej informacji na temat Apostolatu można przeczytać na stronie: apostolatratunkukonajacym.pl.

Ponadto na terenie sanktuarium działa Poradnia Miłosierdzia, w której potrzebujący mogą otrzymać pomoc duszpasterską, psychologiczną i prawną.

IV Ogólnopolską Pielgrzymkę Czcicieli Bożego Miłosierdzia zakończy nabożeństwo „Drogi Miłosierdzia”, którego autorem jest Rektor Sanktuarium, ks. Franciszek Ślusarczyk.